De formation classique, il a commencé à étudier le piano pendant son enfance, avant de travailler la batterie et les percussions au Conservatoire National de Musique de Saint-Maur. Il a connu la célébrité à partir de 1986 en jouant sur l'album So de Peter Gabriel.
Il a joué aux côtés d'une multitude de musiciens de renommée internationale, dont entre autres : Al Di Meola, Les Bee Gees, Daniel Lévi, Dire Straits, Francis Cabrel, Les Gipsy Kings, Jan Garbarek, Jean-Jacques Goldman, Joe Satriani, Laurent Voulzy, Loreena McKennitt, Michel Jonasz, Bruno Letort, Paul Young, Peter Gabriel, Stephan Eicher, Sheila, Sting, Simple Minds, Tears For Fears, Tori Amos, Tracy Chapman, Youssou N'Dour, Joni Mitchell, etc.
De 1985 à 1988, Manu Katché fait partie du groupe "Préface" qui, en dehors de Katché (qui était le chanteur principal), était composé de Jean-Yves D'Angelo (claviers et chants) et de Kamil Rustam (chants et guitares). Avec les membres de "Preface", il se met alors à écrire les arrangements pour un grand nombre d'artistes français, ce qui lui valut, en 1985, le prix du meilleur arrangement aux Victoires de la musique pour l'album de Michel Jonasz, Unis Vers L'Uni.
Manu Katché consacre une partie de son travail au jazz. Il rapporte avoir été particulièrement impressionné, à l'âge de quinze ans, par un disque du guitariste John Abercrombie, ainsi que par le jeu au piano de Keith Jarrett[1].
En 1994, il compose et interprète la bande originale du film Un indien dans la ville en association avec Tonton David et Geoffrey Oryema.
Il mène depuis 1989 une collaboration fructueuse avec le saxophoniste Jan Garbarek. Leur première collaboration prit la forme d'un trio avec le violoniste indien L. Shankar en 1989 au théatre La Cigale. Depuis, Manu Katché apparaît régulièrement dans le groupe du saxophoniste norvégien (5 disques). En 2005, lors de son premier disque en leader pour le label allemand ECM, c'est Manu Katché qui fait appel à Garbarek pour l'album Neighbourho