Il était une fois un royaume enchanté, peuplé de gens éternellement heureux, dont le plus grand plaisir était de déguster chaque soir la soupe la plus succulente du monde. Mais un tragique accident enleva un jour la Reine à l'affection de ses sujets, laissant le Roi à jamais inconsolable. Sa fille, la Princesse Petit Pois, se languissait, ainsi que le bon peuple, soudain privé de soupe... L'espoir renaît lorsque vient au monde une petite souris aux très grandes oreilles : Despereaux Tilling. D'emblée, celui-ci se distingue par sa bravoure et ses ambitions démesurées. Despereaux rêve grand, très grand au regard de sa taille. Il se voit en chevalier, fer raillant contre d'horribles dragons et sauvant de belles princesses en détresse.
Mais le monde des souris n'est pas porté sur le rêve. Notre héros n'a pas sa place dans cette société craintive, soumise et conformiste. Banni, il échoue dans le monde des rats, où la lumière ne pénètre jamais. Dans cet univers fétide, cruel et malodorant, il fait la connaissance d'un autre marginal : le rat Roscuro, gourmet sophistiqué et grand voyageur.
Le rat et la souris deviennent amis jusqu'au jour où Roscuro, repoussé par la fille du Roi, dont il recherchait l'amitié, se ligue avec la servante Mig, qui rêve d'évincer Petit Pois. Enlevée par ce couple malfaisant, la Princesse ne peut compter que sur le courage du petit Despereaux.
Arrivera-t-il à la sauver et à rendre au Royaume son éclat et sa joie de vivre ?